Havnen styres af Byrådet i Køge kommune (jf. havnelovens § 9, stk 1), og at havnens ledelse varetages af Havnebestyrelsen, som består af 7 medlemmer, der vælges af Byrådet.

Se organisationsdiagram (som også viser økonomiudvalget for STC)

At være en kommunal selvstyrehavn betyder, at havnens forretningsområde er begrænset til udlejning af infrastruktur (arealer, kajer, kraner) og udførelse af serviceydelser (f.eks. salg af vand og el) og med pligt til at modtage skrald, hvilket der skal anmodes om inden skibet ligger til kaj.